In Kyoto no Neko schlüpfen 2 bis 4 Spieler in die Rolle von Kätzchen, die im modernen Kyoto in Japan eine Reihe eigenständiger, wiederholt spielbarer Szenarien erkunden. In jedem Szenario müssen die Spieler verschiedene Missionen erfüllen, die typische Aktivitäten von Katzen darstellen, etwa sich mit einem Schulkind anzufreunden, eine aggressive streunende Katze zu bekämpfen oder das Futter aus dem Napf eines anderen Spielers zu stehlen. Im Laufe jeder Partie entwickelt sich jeder Spieler weiter, verbessert seine Fähigkeiten und erlangt die Möglichkeit, neue Bereiche der Karte zu erkunden, indem er auf Büsche und Dächer klettert.

Dank eines Fähigkeitensystems kann jeder Spieler in Kyoto no Neko mit bestimmten Bewohnern Kyotos interagieren – sowohl mit Tieren als auch mit Menschen. Jede Runde bietet die Gelegenheit, Neues über die Stadt zu entdecken, indem Elemente aufgedeckt werden, die von kleinen Insekten bis hin zu bestimmten Gegenständen oder Bewohnern Kyotos reichen. Einige dieser Elemente werden durch Pappplättchen dargestellt, andere sind dekorative Elemente, die für einen eindrucksvollen visuellen Auftritt sorgen.