In Kyoto no Neko sind 2 bis 4 Spieler Kätzchen, die in einer Reihe unabhängiger, wiederspielbarer Szenarien das moderne Kyoto in Japan erkunden. In jedem Szenario müssen die Spieler verschiedene Missionen erfüllen, die typische Katzenaktivitäten darstellen: vom Anfreunden mit einem Schuljungen über den Kampf gegen eine aggressive streunende Katze bis hin zum Stehlen von Futter aus dem Futternapf eines anderen Spielers. Im Laufe jeder Partie entwickelt sich jeder Spieler weiter, verbessert seine Fähigkeiten und erlangt die Möglichkeit, neue Bereiche der Karte zu erkunden, indem er auf Büsche und Dächer klettert.

Mithilfe eines Fertigkeitensystems lässt Kyoto no Neko jeden Spieler mit einigen Bewohnern Kyotos interagieren – sowohl mit tierischen als auch mit menschlichen. Jeder Zug bietet die Gelegenheit, etwas Neues über die Stadt zu entdecken, denn die Spieler decken Elemente auf, die von winzigen Insekten bis hin zu bestimmten Gegenständen oder Bewohnern Kyotos reichen. Einige dieser Elemente werden durch Pappplättchen dargestellt, andere durch Aufsteller, die für eine beeindruckende visuelle Präsenz sorgen.