In Factory Funner schlüpfen die Spieler in die Rolle von Fabrikmanagern, die Maschinen für ihre Fabrik auswählen und installieren. Sie versuchen, alle Eingangs- und Ausgangsrohre der Maschinen mit den richtigen Reservoirs oder anderen Maschinen zu verbinden, um die profitabelste Konfiguration zu erstellen. Eine neue Maschine bringt Einnahmen. Andere Dinge, die man baut (Reservoirs und Verbindungsstücke (Rohrleitungen)), kosten jeweils 1K Geld.

In jeder Spielrunde können die Spieler gleichzeitig eine Maschine (aus einer Anzahl von Maschinen, die der Spieleranzahl entspricht) auswählen. Das bedeutet, die Spieler versuchen schnell, mögliche Verbindungen zu bestimmen, und schnappen sich dann das gewünschte Plättchen. Wer sich jedoch zu schnell entscheidet, riskiert, eine Maschine zu wählen, die nicht gut passt... Beim Einbau einer Maschine besteht eine wichtige Taktik darin, sich die meisten und besten Optionen für den Anschluss zukünftiger Maschinen offenzuhalten!

Nach acht Runden gewinnt der Spieler mit dem meisten Geld.

Die zweite Ausgabe dieses Spiels – Factory Funner&Bigger – bietet dasselbe Gameplay wie die Originalveröffentlichung, jedoch mit einer tieferen Schachtel, mehr Verbindungsstücken und leicht veränderten Farben für eine bessere Spielbarkeit sowie ohne die „Sprung“-Maschine, da diese einen hohen Glücksfaktor aufwies und während des Spiels zu Regelschwierigkeiten führte.