Arrakis ist eine scheinbar tote und karge Wüstenwelt, doch hier befindet sich die wichtigste Ressource der Galaxie: die Melange. Ohne Melange ist Raumfahrt unmöglich, und die Menschen werden zu kleinen Gruppen auf isolierten Planeten. Das edle Haus, das Arrakis und die Produktion der Melange kontrolliert, besitzt große Macht. Der Kaiser gab Arrakis dem Haus Atreides, doch dann verschworen sich seine Untertanen, um sie durch ihre alten Rivalen, das Haus Harkonnen, zu ersetzen. Baron Harkonnen zerschmetterte die Atreides in einem verräterischen Angriff und herrscht nun mit eiserner Faust über den Planeten. Doch Paul und Jessica, die Erben des Hauses Atreides, leben und ergreifen mit der Hilfe der mächtigen Fremen, den geheimnisvollen Bewohnern der kargen Weiten von Arrakis, die Waffen.

Nur ein Haus wird aus dem bevorstehenden Kampf siegreich hervorgehen, während das andere in den Wüstensanden verloren geht. In diese düstere Realität werden die Spieler hineingestoßen Dune: War for Arrakis.

In diesem asymmetrischen Strategiespiel kämpfen die Spieler um die Kontrolle über den Planeten, manövrieren Truppen wie die Fremen, die Fedaykin und die furchterregenden Sardaukar und schicken gleichzeitig Melange-Erntemaschinen in die tiefe Wüste, wo sie es wagen, die gewaltigen Sandwürmer herauszufordern. Das Spiel verfügt über ein Aktionswürfel-System mit zahlreichen Ereigniskarten, die es den Spielern ermöglichen, die Dune Saga bei jedem Durchspielen anders zu erzählen.