In Puerto Rico übernehmen die Spieler die Rollen von Kolonialgouverneuren auf der Insel Puerto Rico. Ziel des Spiels ist es, Siegpunkte zu sammeln, indem Waren nach Europa verschifft oder Gebäude errichtet werden.

Jeder Spieler verwendet ein eigenes kleines Spielbrett mit Feldern für Stadtgebäude, Plantagen und Ressourcen. Gemeinsam nutzen die Spieler drei Schiffe, ein Handelshaus sowie einen Vorrat an Ressourcen und Doubloons.

Der Ressourcenkreislauf des Spiels besteht darin, dass die Spieler Ernten anbauen, die sie gegen Punkte oder Doubloons eintauschen. Doubloons können dann zum Kauf von Gebäuden verwendet werden, die es den Spielern ermöglichen, mehr Ernten zu produzieren oder ihnen andere Fähigkeiten verleihen. Gebäude und Plantagen funktionieren nicht, solange sie nicht von Kolonisten besetzt sind.

In jeder Runde wählen die Spieler abwechselnd eine Rollenkartte von denen aus, die auf dem Tisch liegen (wie z. B. „Händler“ oder „Erbauer“). Wenn eine Rolle gewählt wird, darf jeder Spieler die für diese Rolle entsprechende Aktion ausführen. Der Spieler, der die Rolle ausgewählt hat, erhält dafür auch ein kleines Privileg – zum Beispiel ermöglicht die Wahl der Rolle „Erbauer“, dass alle Spieler ein Gebäude errichten können, der Spieler, der die Rolle gewählt hat, kann dies jedoch in dieser Runde zu einem reduzierten Preis tun. Unbenutzte Rollen erhalten am Ende jeder Runde einen Doubloon-Bonus, sodass der nächste Spieler, der diese Rolle wählt, alle damit verbundenen Doubloon-Boni behalten kann. Dies ermutigt die Spieler, im Laufe eines typischen Spielverlaufs alle Rollen zu nutzen.

Puerto Rico verwendet eine Mechanik mit variabler Phasenreihenfolge, bei der ein „Gouverneur“-Markierer am Ende eines Zuges im Uhrzeigersinn an den nächsten Spieler weitergegeben wird. Der Spieler mit dem Markierer beginnt die Runde, indem er eine Rolle wählt und die erste Aktion ausführt.

Die Spieler erhalten Siegpunkte für den Besitz von Gebäuden, für das Versenden von Waren und für besetzte „große Gebäude“. Die gesammelten Versandchips jedes Spielers werden verdeckt aufgedeckt und haben Nennwerte von eins oder fünf. Dadurch können andere Spieler die genaue Punktzahl eines anderen Spielers nicht bestimmen. Waren und Doubloons werden für alle Spieler sichtbar ausgelegt, und jeder Spieler kann jederzeit die Gesamtsummen beider verlangen. Da das Spiel in seine späteren Phasen eintritt, erfordern die unbekannte Menge und die Nennwerte der Versandchips, dass die Spieler ihre Optionen überlegen, bevor sie eine Rolle wählen, die das Spiel beenden kann.