Der Hauptspielmodus von Nemesis: Aftermath ist der Epilog-Modus: ein kurzes Spiel über 5 Runden (45–60 Min.), das nach einem regulären Spiel gespielt wird. Zu Beginn dieses Epilogs ist eine unbestimmte Zeit seit den Ereignissen im Nemesis-Grundspiel vergangen. Die Spieler übernehmen Charaktere, die nicht am Grundspiel teilgenommen haben und nun die Nemesis betreten, um sie zu untersuchen. Das Schiff trägt viele Narben seiner vergangenen Strapazen davon, daher wirken sich alle Überbleibsel aus eurem vorherigen Spiel auf euer Epilog-Spiel aus.
Ein Epilog-Spiel ist deutlich kürzer als ein reguläres Nemesis-Spiel, aber schwieriger und bietet einen sehr dynamischen Spielverlauf. Anstelle von Zielen müssen die Spieler scheinbar einfache persönliche Anforderungen erfüllen und versuchen gleichzeitig zusammenzuarbeiten, um verschiedene Alarmmeldungen zu bewältigen. Spieler, die eher ihre eigenen Interessen verfolgen, können außerdem das lukrative Angebot annehmen. Die Spieler verwenden auch den zusätzlichen Shuttle-Spielplan, der ein neues kleines, an die Nemesis angedocktes Schiff mit 4 zusätzlichen Raumfeldern darstellt. Die Erweiterung Nemesis: Aftermath fügt außerdem 4 neue Räume „2“ hinzu.
Ihr könnt das Epilog-Spiel mit weniger Spielern spielen, als tatsächlich am regulären Spiel teilgenommen haben.

MERKMALE
Nemesis: Aftermath fügt für jeden Charakter eine Merkmalskarte hinzu (sowohl für Charaktere aus dem Grundspiel als auch aus der Erweiterung). Merkmalskarten gewähren während des Spiels bestimmte Vor- und Nachteile. Die Merkmalskarte wird offen neben den Charaktertableau gelegt, und ihre Regel gilt für den Rest des Spiels.

NEUE CHARAKTERE
Nemesis: Aftermath fügt dem Spiel 5 neue Charaktere hinzu. Wenn die Spieler ihre Charaktere auswählen, erlaubt ihnen die gewählte Charakter-Auswahlkarte, entweder den Charakter aus dem Grundspiel oder den Aftermath-Charakter der gewählten Farbe zu nehmen. Beispielsweise kann der rote Aftermath-Charakter (der Sträfling) den roten Charakter aus dem Grundspiel (den Soldaten) ersetzen. Nachdem jeder Spieler seinen Charakter gewählt hat, behält er seine ausgewählte Auswahlkarte. Dadurch kann kein anderer Spieler den anderen Charakter derselben Farbe wählen. Die beiden roten Charaktere (der Sträfling und der Soldat) können niemals gemeinsam in einem Spiel sein. Die Aftermath-Charaktere unterscheiden sich stark von den Charakteren des Grundspiels.