Während der Herrschaft von Kaiser Yao wurde das Volk des alten China am Gelben Fluss immer wieder von verheerenden Überschwemmungen heimgesucht. Um der Verwüstung ein Ende zu setzen, wählte Yao seinen Beamten Gun aus, einen Plan zu entwickeln. Nach neun Jahren erfolgloser Versuche mit Dämmen und Deichen endete Guns Amtszeit auf fragwürdige Weise. Nach seinem Tod übernahm Yu das Werk seines Vaters. Aus Guns Fehlschlägen lernend, machte sich Yu daran, eine Reihe von Kanälen anzulegen, um den anschwellenden Fluss in nahegelegene Felder und kleinere Wasserläufe zu leiten.

Vermächtnis des Yu ist ein ausschließlich solo spielbares, vollständig zurücksetzbares, nicht lineares Kampagnenspiel, in dem du in die Rolle des legendären Helden der Xia-Dynastie, Yu des Großen, schlüpfst. Deine Aufgabe ist es, vor der drohenden Flut die Kanäle zu bauen und zugleich dein wachsendes Dorf gegen benachbarte Barbarenstämme zu verteidigen. Mit jedem Spiel werden Geschichten erzählt und neue Spielelemente hinzugefügt. Die Kampagne verfügt über ein sich selbst ausbalancierendes System, das sich daran anpasst, wie gut du dich schlägst. Die Kampagne endet, sobald du entweder sieben Spiele gewonnen oder verloren hast.