In Harmonies erschaffst du Landschaften, indem du farbige Plättchen platzierst, und gestaltest Lebensräume für deine Tiere. Um die meisten Punkte zu erzielen und das Spiel zu gewinnen, integriere die Lebensräume geschickt in deine Landschaften und lass dich dort von möglichst vielen Tieren niederlassen.

Beginnend mit dem Startspieler und dann im Uhrzeigersinn wählt jeder Spieler einen Satz aus 3 Landschaftsplättchen aus der Mitte und platziert sie auf seinem persönlichen Spielplan. Optional kann er eine Tierkarte aus den 5 ausliegenden Karten wählen und/oder einen Tierwürfel von seinen Tierkarten auf ein beliebiges vollständiges Muster auf seinem Spielplan setzen, das zu einer seiner Tierkarten passt. Jeder Spieler darf höchstens 4 Karten haben. Nach dem Zug wird die Auslage bei Bedarf mit einem neuen Satz aus 3 Plättchen und einer neuen Tierkarte aufgefüllt.

Wie die Landschaftsplättchen platziert werden, hängt von den Zielen auf den persönlichen Tierkarten und den Wertungsregeln der verschiedenen Landschaftsarten (Berge, Felder, Wälder usw.) ab. Bergplättchen bringen beispielsweise je nach Höhe Punkte (1 Plättchen bringt 1 Punkt, ein Stapel aus 3 Plättchen hingegen 7), doch ein Berg bringt keine Punkte, wenn er nicht an mindestens einen anderen Berg grenzt. Sobald alle Würfel einer Tierkarte platziert wurden, wird die Karte beiseitegelegt und eine neue Karte kann gezogen werden. Am Spielende werden die Karten anhand der höchsten Zahl gewertet, die nicht von einem Würfel abgedeckt ist.

Das Spiel endet, wenn sich keine Plättchen mehr im Beutel befinden, um die Auslage in der Mitte aufzufüllen, oder wenn mindestens ein Spieler nur noch 2 oder weniger freie Felder auf seinem Spielplan hat. Gespielt wird so lange, bis alle Spieler in der Runde gleich viele Züge hatten. Der Spieler mit den meisten Punkten gewinnt.

Optional könnt ihr für ein abwechslungsreicheres Spielerlebnis die Geisterkarten der Natur verwenden. Während des Aufbaus wählt jeder Spieler 1 von 2 Geisterkarten und legt einen Geisterwürfel darauf. Für sie gelten dieselben Platzierungsregeln wie für Tierkarten, doch nach ihrer Vervollständigung haben sie meist einen dauerhaften Effekt. Die Geisterkarte zählt zum Handkartenlimit von 4 Karten.