In Rats of Wistar spielst du eine der vier Ratten, die die Flucht aus dem berühmten Wistar Institute organisiert haben. Daher musst du deine Familie anführen und beweisen, dass du es am meisten verdienst, die gesamte Kolonie anzuführen. Dank deiner außergewöhnlichen Fähigkeiten kannst du den Bauernhof erkunden, bis du die Speisekammer erreichst und dir den köstlichen Käse schnappen kannst. Indem du die Artefakte nutzt, die die Menschen am Waldrand zurückgelassen haben, erschaffst du neue Erfindungen und erweiterst dein Lager unter den Bäumen, indem du neue Räume gräbst und neue Betten baust. Du triffst auf einheimische Ratten und Mäuse, die du in deiner Familie willkommen heißt, und wenn nötig besuchst du die Alchemistenmaus, um dir einen zusätzlichen Vorteil zu verschaffen.

Das Spiel dauert 5 Runden (entsprechend den 5 Tagen, an denen die Herausforderung stattfindet), und du erhältst Siegpunkte (SP) für Folgendes:

• Betten bauen,
• Räume graben,
• Missionen auf dem Bauernhof erfüllen,
• Gastmäuse willkommen heißen,
• neue Erfindungen bauen,
• Errungenschaften beanspruchen.

Am Ende des Spiels gewinnt der Spieler mit den meisten SP. Bei Gleichstand gewinnt der Spieler, der in der Zugreihenfolge weiter hinten steht.