In Pax Pamir schlüpfen die Spieler in die Rolle afghanischer Anführer des 19. Jahrhunderts, die nach dem Zusammenbruch des Durrani-Reiches versuchen, einen neuen Staat zu schmieden. Westliche Geschichtsschreibung bezeichnet diese Epoche aufgrund der Rolle der Europäer, die versuchten, Zentralasien als Bühne für ihre eigenen Rivalitäten zu nutzen, oft als „Das große Spiel“. In diesem Spiel werden diese Reiche ausschließlich aus der Perspektive der Afghanen betrachtet, die versuchten, die sich einmischenden Ferengi (Ausländer) für ihre eigenen Zwecke zu instrumentalisieren.

Spielmechanisch ist Pax Pamir ein recht unkomplizierter Tableau-Aufbau. Die Spieler verbringen die meisten ihrer Züge damit, Karten aus einem zentralen Markt zu kaufen, und spielen diese dann vor sich in einer einzigen Reihe auf, die als Hof bezeichnet wird. Das Ausspielen von Karten fügt Einheiten auf der Spielkarte hinzu und gewährt Zugang zu zusätzlichen Aktionen, die genutzt werden können, um andere Spieler zu stören und den Verlauf des Spiels zu beeinflussen. Letzterer Punkt ist besonders hervorzuheben. Obwohl jeder seine eigene Kartenreihe aufbaut, bietet das Spiel den Spielern viele Möglichkeiten, sich gegenseitig direkt und indirekt zu beeinträchtigen.

Um zu überleben, werden sich die Spieler in Koalitionen zusammenschließen. Im Laufe des Spiels wird die Dominanz der verschiedenen Koalitionen von den Spielern bewertet, wenn eine spezielle Karte namens „Dominanzprüfung“ aufgelöst wird. Wenn eine einzelne Koalition bei einer dieser Prüfungen einen deutlichen Vorsprung hat, erhalten die Spieler, die dieser Koalition treu sind, Siegpunkte entsprechend ihrem Einfluss innerhalb ihrer Koalition. Wenn Afghanistan jedoch bei einer dieser Prüfungen zersplittert bleibt, erhalten die Spieler stattdessen Siegpunkte entsprechend ihrer persönlichen Machtbasis.

Nach jeder Dominanzprüfung wird der Sieg überprüft und das Spiel wird teilweise zurückgesetzt, sodass die Spieler einen neuen Versuch erhalten, ihre Ambitionen zu verwirklichen. Das Spiel endet, wenn ein einzelner Spieler einen Vorsprung von vier oder mehr Siegpunkten erzielt oder wenn die vierte und letzte Dominanzprüfung aufgelöst wurde.